佛山RNA_出身三A基地，试途所向披靡——文奇生物

佛山RNA_出身三A基地，试途所向披靡——文奇生物

RNA，m5C pri-miRNA测序

技术简介

 

m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C存在，但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。m5C RNA甲基化测序服务，采用经典重亚硫酸盐处理的方式进行测序。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。

 

(m5C)RNA甲基化测序流程

 

RNA甲基化测序产品

 

服务优势

 

一站式服务

 

客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA，文奇生物为您完成m5C RNA-Seq全套实验服务。

 

严格的质控

 

文奇生物对m5C RNA-Seq实验每一步骤均设有关键质控，保证客户得到优质数据。

 

专业的生物信息学分析

 

文奇生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

 

样本要求

 

样品类型

 

细胞、新鲜组织或RNA样品。其它类型样品请详询。

 

样品量

 

a）细胞：1×108 

b）组织：1 g  

c）总RNA：50 μg （OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7）

 

样品运输与保存

 

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

 

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

 

数据分析

 

1. 识别RNA甲基化位点

 

通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域。

 

2. RNA甲基化位点的注释※

 

富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。

 

3. RNA甲基化位点在基因组中的分布※

 

根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

 

4. RNA甲基化位点Motif分析※

 

RNA上甲基化的位点，可能包含某种序列motif。RNA甲基化酶可能正是通过识别这些 motif 特异性进行甲基化修饰，从而完成转录后调控功能。我们成功识别了全基因组的RNA上的甲基化位点后，获取序列就能使用生物信息学的手段来搜索这些 motif，从而揭示 RNA甲基化修饰的机制。

 

5. 差异RNA甲基化位点的识别与注释

 

文奇生物使用meRanCompare软件识别两个/组样品间的差异甲基化位点，以FDR<0.01作为阈值，具体的以测序报告为准。 识别样本间的差异甲基化区，发现与特定表型或疾病相关的甲基化区域。

 

6. 差异RNA甲基化位点的GO与信号通路分析

 

对差异甲基化基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目。

 

原文标题：佛山RNA_出身三A基地，试途所向披靡——文奇生物
下一篇：佛山DNA_文奇生物精于创新，深于培养
上一篇：佛山mRNA_文奇生物为自己的青春明天而拼搏奋斗