广州WB_文奇生物腾起医学实验室的信息化前程

案例解析

 

案例1. m6A调控pri-miRNA的识别加工及miRNA的成熟

 

原文：N6-methyl-adenosine (m6A) marks primary microRNAs for processing

 

期刊：Nature 影响因子：41.57

 

来自洛克菲勒大学Tavazoie课题组发现m6A作为一种关键的转录后修饰，在miRNA生物合成的起始起促进作用。通过在细胞系进行METTL3的敲降会导致pri-miRNA发生甲基化，并且标记的pri-miRNA标记可以被DGCR8识别和加工，引起成熟体miRNA表达量降低。体外实验也同样证实m6A会促进pri-miRNA的加工。 

 

m6A microRNA甲基化测序

 

产品详情

 

技术简介

 

MicroRNAs（miRNAs）是一类广泛存在于真核生物中，长度为～22nt的单链小分子非编码RNA，在转录后的基因调控中发挥作用。它们广泛参与细胞增殖、凋亡、分化等生理过程。目前研究发现，miRNA能够发生m6A甲基化修饰，不仅能够改变其稳定性，而且能改变与靶mRNA的识别及结合能力，调控mRNA降解或翻译，在各种重大人类疾病中发挥关键的调控作用，并具有作为新型临床分子标志物的潜能。

 

技术原理

 

文奇生物提供miRNA MeRIP-Seq技术服务。 技术原理如下：提取total RNA后，利用small RNA纯化试剂盒提纯small RNA（包括miRNA）；将m6A RNA甲基化特异性抗体与RNA进行共孵育，抓取有甲基化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本为未进行IP反应的RNA。对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段，将miRNA m6A甲基化修饰位点定位到转录组上，并计算样本中miRNA m6A甲基化程度。

 

配合专业的生物信息学分析，文奇生物可进一步提供高精度的miRNA m6A甲基化图谱，帮助客户揭示miRNA m6A甲基化在生物学功能和潜在的作用机制。

 

服务优势

 

一站式服务

 

客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA，文奇生物为您完成从miRNA m6A富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

 

抗体富集效率高

 

MeRIP-seq的富集效率是决定数据质量的关键，文奇生物MeRIP-seq实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程，具有极高的效率和特异性。

 

严格的质控

 

文奇生物对MeRIP-seq实验每一步骤均设有关键质控，全程监控实验质量，保证客户得到优质数据。

 

专业的生物信息学分析

 

文奇生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

 

案例解析

 

案例：成熟microRNA在胃肠道肿瘤中的甲基化水平

 

原文：Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers

 

期刊：Nature Communication  影响因子：11.878 

 

大阪大学医学研究生院和大阪大学医学研究所，通过对胃肠道癌和癌旁组织进行miRNA MeRIP-seq，发现miRNA在癌组织中的m6A修饰水平显著提高；并且发现m6A修饰能够改变miRNA（miR-17-5p, -21-5p, and -200c-3p a和let-7a-5p）的稳定性和对靶mRNA的识别能力；其中发生m6A修饰的miR-17-5p在早期癌症病人的血浆中具有极高的敏感性和特异性。这些发现不仅为早期癌症的诊断策略提供了基础，同时也为我们对miRNA生物学的探究提供了一个新的认识。

 

样品要求

 

样品类型

 

细胞、组织或RNA，其他样本类型及样品量请电询。

 

样品量 

 

a）细胞：≥2×107

b）组织：500 mg - 1 g

c)  RNA：≥100 μg 

 

样品运输与保存

 

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

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